Взаимодействие белков с ДНК происходит по-разному в зависимости от типа белка. 2

Неспецифическое взаимодействие происходит со структурными белками, например гистонами. 2 В клетке ДНК связана с этими белками, образуя компактную структуру — хроматин. 2 Неспецифические связи между гистонами и ДНК образуются за счёт ионных связей щелочных аминокислот гистонов и кислотных остатков сахарофосфатного остова ДНК. 2

Специфическое взаимодействие происходит с белками, которые узнают определённую последовательность ДНК. 5 Это происходит за счёт образования множества слабых водородных связей с несколькими критически важными основаниями ДНК в этой последовательности. 5

Ферменты также могут взаимодействовать с ДНК. 2 Например, РНК-полимеразы, которые копируют последовательность оснований ДНК на РНК в транскрипции или при синтезе новой цепи ДНК — репликации. 2