Регуляция ядерного транспорта в клетке происходит на нескольких уровнях: 2

1. Модуляция взаимодействий импортина или экспортина с сигналом ядерной локализации (NLS) или ядерного экспорта (NES) субстрата. 1 Эти взаимодействия чувствительны к конформационным изменениям в областях NLS/NES и субстрат-связывающих сайтах кариоферинов. 1
2. Маскирование сигналов NLS/NES субстрата от узнавания импортином или экспортином. 1 Это распространённый механизм регуляции ядерно-цитоплазматического транспорта. 1
3. Изменение способности самого субстрата взаимодействовать с транспортным рецептором. 2 Например, за счёт фосфорилирования. 2
4. Закрепление субстрата в каком-либо компартменте, из-за чего он оказывается неспособным к дальнейшему транспорту. 2
5. Изменение способности самой ядерной поры к транспорту белков. 2 Например, пропускная способность ядерной поры зависит от концентрации ионов кальция в просвете ядерных пор. 3

Также процесс транспорта через ядерную пору может регулироваться на уровне внутриклеточных структур, с которыми она тесно связана (ядерный матрикс и цитоскелет). 5