Регуляция транскрипции генов с помощью промоторов и энхансеров происходит следующим образом:

Промотор — участок ДНК, с которым может связываться РНК-полимераза, инициируя тем самым транскрипцию. 2 Неодинаковая структура промоторов обуславливает различия в экспрессии генов. 1

Энхансеры — участки ДНК вне промотора. 3 Они связываются с различными факторами транскрипции и усиливают транскрипцию определённых генов. 3 Энхансеры могут располагаться на расстоянии до 10 тпн от промотора, а также после него. 3

С энхансерами взаимодействуют белки-активаторы, которые, контактируя с РНК-полимеразой, активируют её, в результате транскрипция генов усиливается. 1

С сайленсерами взаимодействуют белки-ингибиторы, оказывающие тормозящее действие на активность РНК-полимеразы и снижающие скорость транскрипции. 1