Регуляция работы промоторов у эукариот происходит несколькими способами:

• Воздействие на общие и специфические факторы инициации транскрипции и варьирование их комбинаций в инициаторном комплексе. 2 Для эффективного присоединения РНК-полимеразы к ДНК необходимо образование транскрипционного комплекса из многих белковых факторов. 2 Регуляция возможна за счёт изменения активности каждого фактора по отдельности или создания уникальных сочетаний белковых факторов (как общих, так и специфических) в условиях, требующих изменения интенсивности синтеза или спектра образуемых белков. 2
• Изменение структуры хроматина. 2 И ДНК, и нуклеосомы могут подвергаться химической модификации, которая влияет на уровень транскрипции. 1
• Участие других участков ДНК. 1 В регуляции промоторов у эукариот участвуют энхансеры (усилители транскрипции), сайленсеры (регионы, подавляющие транскрипцию), инсуляторы (определяющие зону действия энхансера или сайленсера) и другие регуляторные районы ДНК. 2