Регуляция экспрессии генов на этапе инициации транскрипции происходит под влиянием промоторов и других управляющих элементов, а также специфических белков — факторов транскрипции. 5 Они взаимодействуют с определёнными последовательностями в пределах управляющих областей гена и определяют пространственную и временную схему экспрессии гена. 5

Некоторые механизмы регуляции:

• Факторы специфичности изменяют специфичность РНК-полимеразы к данному промотору или набору промоторов, делая её более или менее вероятной для связывания с ними. 3
• Репрессоры связываются с оператором, кодирующим последовательности на цепи ДНК, которые находятся близко к промоторной области или перекрывают её, препятствуя продвижению РНК-полимеразы вдоль цепи, тем самым препятствуя экспрессии гена. 3
• Активаторы усиливают взаимодействие между РНК-полимеразой и определённым промотором, стимулируя экспрессию гена. 3
• Энхансеры — участки на спирали ДНК, которые связываются активаторами для того, чтобы закольцевать ДНК, приводя специфический промотор к инициирующему комплексу. 3
• Сайленсеры — участки последовательностей ДНК, которые при связывании с определёнными факторами транскрипции могут подавлять экспрессию гена. 3