После завершения синтеза белка иРНК (мРНК) разрушается под действием ферментов — рибонуклеаз. 4

У эукариот разрушение начинается с удаления кэпа на 5'-конце и полиаденинового хвоста на 3'-конце. 3 Затем нуклеазы одновременно разрушают мРНК в направлениях 5' → 3' и 3' → 5'. 3

У прокариот деградация мРНК происходит под действием комбинации рибонуклеаз, в том числе эндонуклеаз, 3'-экзонуклеаз и 5'-экзонуклеаз. 3

Время жизни мРНК зависит от её нуклеотидной последовательности. 3 Например, в клетках бактерий молекула может существовать от нескольких секунд до более чем часа, а в клетках млекопитающих — от нескольких минут до нескольких дней. 3