Размножение жгутиковых происходит бесполым способом: 13

• Первым делом делится ядро. 2
• Позже разделяется всё тело — продольной перетяжкой. 2
• Деление начинается с передней части тела. 2 Цитоплазма делится позже других частей. 2

При этом жгутик может отделяться: 1 тогда обе дочерние особи формируют его заново или он отходит одной из клеток, вторая же отстраивает его заново. 1

Реже наблюдается чередование бесполого и полового размножения. 3 Половой процесс известен у фотосинтезирующих колониальных форм. 1