Процесс связывания репрессоров с ДНК происходит следующим образом: в отсутствие индуктора репрессор связывается с оператором и мешает РНК-полимеразе начинать синтез РНК с промотора. 1 В комплексе с индуктором репрессор теряет способность связываться с оператором, в результате чего промотор активируется. 1 Другие репрессоры, наоборот, могут связываться с оператором только в комплексе с эффектором (который в этом случае называется корепрессором). 1
Процесс связывания активаторов с ДНК происходит так: белок-активатор присоединяется к промотору рядом с РНК-полимеразой и за счёт непосредственного контакта с ней облегчает образование открытого промоторного комплекса. 1 Также активатор может облегчить локальное расплетание ДНК в области промотора (необходимого для инициации транскрипции) либо за счёт внесения изгиба в ДНК, либо за счёт увеличения отрицательной суперскрученности. 3