Процесс окрашивания эндоспор в бактериологии происходит следующим образом: 1

1. С целью разрыхления оболочки эндоспор окрашивание мазков проводят сильным красителем при нагревании. 1
2. Затем цитоплазму обесцвечивают и дополнительно красят в контрастный цвет. 1

Например, для окрашивания по методу Пешкова: 1

1. Приготовленный тонкий мазок 2–3-суточной культуры бактерий фиксируют на пламени горелки или смесью 5 частей 40% формалина и 95 частей 96% этанола в течение 15 минут. 1
2. После фиксации мазок заливают метиленовым синим по Лѐффлеру и доводят до кипения, держа предметное стекло над пламенем горелки. 1 Продолжительность окрашивания — 10–20 секунд. 1 По мере испарения добавляют новые порции краски. 1
3. Препарат тщательно промывают водой в течение 30 секунд. 1
4. Препарат докрашивают 0,5% водным раствором нейтрального красного. 1
5. Вновь промывают водой, высушивают на воздухе или промокают воду фильтровальной бумагой. 1
6. Микроскопируют с иммерсией. 1

Для окрашивания по методу Шеффера-Фултона: 5

1. Образец высушивают на воздухе на предметном стекле, фиксируют нагреванием. 5
2. Покрывают промокательной бумагой или бумажной салфеткой, пропитанной до насыщения красителем, и помещают на 5 минут над кипящей водой. 5
3. Стекло промывают водопроводной водой, и мазок дополнительно окрашивают 30 секунд сафранином, как при окраске по Граму. 5
4. Затем вновь промывают и подсушивают мазок промокательной бумагой. 5

В результате окрашивания методом Пешкова зрелые эндоспоры приобретают голубой цвет, молодые — тёмно-синий, цитоплазма — красный цвет, зёрна хроматина — фиолетовый цвет. 3