Процесс образования марказита в природе происходит следующим образом:

1. В гидротермальных, преимущественно жильных месторождениях марказит эндогенного происхождения образуется в самых последних стадиях минерализации. 4 Как правило, он устанавливается в друзовых пустотах в виде наросших кристаллов, большей частью мелких, иногда в виде пылевидных налётов на кристаллах кварца, кальцита, галенита, сфалерита, блеклых руд и других минералов, реже в виде корок и сферолитовых форм. 4
2. В осадочных породах, главным образом в угленосных песчано-глинистых отложениях, марказит встречается преимущественно в виде конкреций, неправильной формы зёрен и псевдоморфоз по органическим остаткам, а также тонкодисперсного чёрного сажистого вещества (мельниковита). 4

Экспериментально установлено, что когда дисульфид железа кристаллизуется в нейтральной или щелочной среде при высокой температуре, то образуется колчедан, а в кислой среде при температуре ниже 450 °C растут кристаллы марказита. 1