Процесс эволюции одноклеточных организмов происходит благодаря генетическим мутациям и естественному отбору. 15 Организмы с благоприятными признаками с большей вероятностью выживут и размножатся, передавая свои благоприятные признаки будущим поколениям. 1

В эволюции одноклеточной организации выделяются промежуточные ступени, связанные с усложнением строения организма, совершенствованием генетического аппарата и способов размножения: 3

1. Самая примитивная стадия — агамная прокариотная, представлена цианеями и бактериями. 3 Морфология этих организмов наиболее проста в сравнении с другими одноклеточными, однако уже на этой стадии появляется дифференциация на цитоплазму, ядерные элементы, базальные зёрна, цитоплазматическую мембрану. 3
2. Следующая стадия — агамная эукариотная, характеризуется дальнейшей дифференциацией внутреннего строения с формированием высокоспециализированных органоидов (мембраны, ядро, цитоплазма, рибосомы, митохондрии и др.). 3 Особо существенной здесь была эволюция ядерного аппарата — образование настоящих хромосом в сравнении с прокариотами, у которых наследственное вещество диффузно распределено по всей клетке. 3

Также считается, что одноклеточные организмы в конечном итоге эволюционировали в многоклеточные посредством процесса, называемого симбиогенезом: слияние различных одноклеточных организмов вместе, образуя единый, более сложный организм. 1