Образование родительного падежа в русской топонимике происходит следующим образом:

1. Географическое название, употреблённое с родовыми наименованиями город, село, деревня, хутор, река, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование. 15 Например: в городе Москве, в селе Шушенском, у реки Лены. 1
2. Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если: 1

• внешняя форма названия соответствует форме множественного числа: в городе Великие Луки, в городе Мытищи; 1
• род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают: на реке Енисей, у реки Иртыш. 1

1. Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом: из района Люблино, в городе Иваново, из деревни Простоквашино. 13 Если же родового слова нет, то возможны оба варианта: в Люблине и в Люблино, в Иванове и в Иваново, из Простоквашина и из Простоквашино. 13

В творительном падеже топонимы на -ов(о)/-ев(о), -ин(о)/-ын(о) имеют окончание -ом: (под) Псковом, (за) Камышином, (над) Внуковом, Шереметьевом. 4