Образование малой и большой борозд ДНК происходит при скручивании двух отдельных прядей. 1 В этом процессе остаются боковые зазоры, так что основания находятся прямо на поверхности. 1

Ширина большой бороздки — 2,2 нм, малой — всего 1,2 нм. 13 Соответственно, основания в большой борозде более доступны. 1 Белки, которые связываются с ДНК специфическим для последовательности образом, обычно связываются с большой бороздкой. 1

Образование борозд связано с расположением рёбер оснований в двойной спирали ДНК: они находятся в промежутках между фосфатным остовом молекулы. 2 Кольца оснований расположены в плоскости, перпендикулярной по отношению к продольной оси макромолекулы. 2