Образование фосфоритовых отложений в природных условиях происходит несколькими способами: 2

1. Биолитная гипотеза. 2 Согласно ей, залежи фосфоритов образовались в результате массовой гибели морской фауны, например, при встрече тёплого морского течения с холодным. 2 Также гибель животного мира может происходить при встрече течений с различной степенью содержания солей в их водах, например в дельтах больших рек, впадающих в моря и океаны. 2
2. Химическая гипотеза. 2 По ней, фосфаты, растворённые в морской воде, начинают осаждаться, когда из глубин моря они выносятся на его поверхность. 2 Происходит это вследствие уменьшения кислотности воды (в связи с удалением части углекислоты). 2 Растворимость фосфатов в этой среде уменьшается, и тогда избыток их выпадает на дно. 2
3. Образование на суше. 3 Фосфориты могут образовываться в пещерах, заселённых летучими мышами, на коралловых островах (гуано), в карстовых полостях, корах выветривания известняков. 3

Большую роль в формировании фосфоритов играет апвеллинг, обеспечивающий высокую биологическую продуктивность фитопланктона, накопление обогащённых подвижным фосфором биогенных осадков и формирование в них диагенетических фосфатных стяжений. 3