Обновление клеточных мембран с помощью аутофагоцитоза происходит следующим образом: 2

1. Вблизи повреждённых или требующих замены участков цитоплазмы, обычно по соседству с комплексом Гольджи, образуется полулунная двойная мембрана, которая растёт, окружая со всех сторон повреждённые зоны. 2
2. Затем эта структура сливается с первичной лизосомой. 2 В образовавшейся аутофагосоме (в аутофагирующей вакуоли) совершается лизис структур органеллы. 2

В ходе аутофагии в клеточной цитоплазме повреждённые макромолекулы и органеллы попадают в специализированный компартмент, в котором расщепляются до малых молекул. 5 Эти мономеры могут стать строительными блоками для образования новых биополимеров и органелл в случае голодания и недостатка энергии. 5