Наследование цвета плодов у томатов происходит на генетическом уровне. 1 Цвет плода представляет собой комбинацию пигментаций трёх отдельных типов тканей: эпидермиса, субэпидермального слоя и околоплодника плода (мякоти). 1

Окраска плода зависит от наличия в нём ликопина, каротиноидов, хлорофилла и других пигментов. 2 Например:

• Красный цвет формируется сочетанием доминантных генов RRTT. 2 Ген R контролирует образование ликопина и в меньшей степени каротина и ксантофиллов. 3
• Оранжевый цвет вызван мутацией гена tangerine (t). 1 Синтез ликопина нарушен, плоды накапливают пигмент проликопин. 3
• Жёлтый цвет мякоти плода определяется геном r, при котором синтез ликопина ингибирован. 3

Также существуют два гена, наличие которых вызывает повышенное содержание хлорофилла в плодах: qf (qreen flech) и dq (dark qreen). 2 Действие генов qf и dq за счёт высокого содержания хлорофилла в плодах окрашивает их в тёмно-зелёный («чёрный») цвет. 2

Внешние условия выращивания томата могут ослаблять или усиливать тёмный цвет. 2