Слово «корень» имеет древнеславянское происхождение. 15

Есть несколько версий этимологии:

• По мнению Г. А. Крылова, слово «корень» — общеславянское, восходящее к той же основе, что и латышское cera —  «волосы на голове», древнепрусское kirno —  «куст». 24
• По версии Н. М. Шанского, слово «корень» — производное от «корь» («корень»), того же корня, что и «черенок», «кора». 2
• Есть мнение, что изначальное слово-понятие со значением «корень» —  «*wred-» («корень») или «wra:d-» («ветвь, корень»). 2

Считается, что в древнеславянском языке слово «корен» использовалось для обозначения части растения, скрытой под землёй. 15