Дифференцировка клеток в эмбриональных зачатках происходит следующим образом:

1. Первая дифференцировка происходит на этапе формирования бластоцисты, когда однородные клетки морулы разделяются на два клеточных типа: внутренний эмбриобласт и внешний трофобласт. 2 Трофобласт участвует в имплантации эмбриона и даёт начало эктодерме хориона (одна из тканей плаценты), а эмбриобласт даёт начало всем прочим тканям эмбриона. 2
2. По мере развития эмбриона клетки становятся всё более специализированными (мультипотентные, унипотентные), пока не станут окончательно дифференцировавшимися клетками, обладающими конечной функцией. 2
3. В основе зачатковой дифференцировки лежит индукционное влияние близлежащих клеток (индукционные контакты), которые приводят к дифференциальной экспрессии генного материала, что обеспечивает морфогенетические перемещения и дальнейшую дифференцировку клеток. 1