Точно неизвестно, как происходило размножение у древних псилофитов. 2

Есть предположение, что основным способом размножения были споры, которые созревали в спорангиях. 14 Чаще всего они находились на верхушках растения, но могли распределяться по стеблю. 3 Споры псилофитов быстро распространялись в окружающей среде. 23

Также псилофиты могли размножаться частями вегетативного тела в случаях, когда спорообразование становилось невозможным. 23

Кроме того, некоторые представители псилофитов (например, хорнеофит) были способны к вегетативному размножению с помощью ризоидов — зачатков корневища. 23