Эволюция глотки в филогенетическом аспекте происходила следующим образом:

• У первичноводных животных в стенках глотки развиваются жаберные щели, которые открываются наружу. 1
• Пассивно питающиеся животные (бесчерепные, оболочники) имеют в глотке особый аппарат слизевой фильтрации, служащий для улавливания из воды пищевых частиц. 1 Среди современных позвоночных он присутствует только у личинок миног (пескороек). 1
• У зародышей всех наземных позвоночных в глотке закладываются карманообразные рудименты жаберных щелей. 1 Позади них образуется пара мешковидных выпячиваний — зачатки лёгких. 1
• У наземных позвоночных с развитием лёгочного дыхания и образованием среднего уха в глотку открываются гортань и евстахиевы трубы. 1
• У млекопитающих (и крокодилов) в связи с образованием вторичного нёба в верхний, так называемый носоглоточный, отдел глотки открываются внутренние ноздри — вторичные хоаны. 1

Таким образом, в ходе эволюции глотка претерпевала изменения, связанные с развитием дыхания и других органов: у наземных позвоночных жаберные щели зарастали и исчезали, а в глотку открывались новые структуры, связанные с развитием лёгочного дыхания и среднего уха. 34