Процесс селекции самоопыляющихся растений проходит в несколько этапов: 2

1. Оценка и отбор родительских растений. 2 Зародышевая плазма оценивается для отбора родительских растений с желаемыми характеристиками. 2 Например, растительная культура с высоким содержанием белка может быть выбрана для скрещивания с растением с более высокой устойчивостью к болезням. 2
2. Перекрёстная гибридизация между выбранными родителями. 2 Родители подвергаются перекрёстной гибридизации для получения чистых линий потомства. 2 Это трудоёмкая практика, осуществляемая обычным способом внесения пыльцы с одного растения на рыльце другого. 2
3. Отбор и тестирование превосходных рекомбинантов. 2 Затем оценивают развитое потомство, и те, которые обладают желаемой комбинацией характеристик, самоопыляются для достижения гомозиготности. 2
4. Тестирование, выпуск и коммерциализация новых сортов. 2 Новые сорта выращиваются на исследовательских полях, где они тестируются на агрономические характеристики качества, урожайности, устойчивости к болезням и т. д.. 2 За этим следует выращивание этих культур на полях фермеров в разных местах страны, которые представляют различные агроклиматические зоны. 2 При успешных результатах посевы выпускаются в коммерческих целях для общественного потребления. 2

Также при селекции самоопыляющихся растений используют массовый отбор. 1 При нём семена собирают от желательных особей в популяции, а следующее поколение высевают из запаса смешанных семян. 1 Эта процедура основана на внешнем виде каждого растения. 1

Ещё один метод селекции самоопыляющихся растений — чистолинейный отбор. 12 Большое количество растений отбирается из самоопыляемой культуры и собирается индивидуально, оценивается их индивидуальное потомство, и лучшее потомство выпускается как чистолинейный сорт. 2