Приставка прото- влияет на значения образованных с её помощью слов следующим образом:

1. Обозначает первоначальность, истоки чего-либо. 12 Например: протоалфавит (система письма, породившая все алфавиты мира), протозвезда (плотное вещество, сконцентрировавшееся газово-пылевое облако, зачаток звезды). 1
2. Указывает на высшую степень (как правило, в церковных званиях). 23 Например: протодьякон (дьякон, помощник священника высшего чина, старший дьякон), протоиерей (иерей, то есть священник высшего чина, старший иерей). 1
3. Обозначает высшую степень качества (в устаревшем употреблении). 2 Например: протобестия (в высшей степени хитрый и пронырливый индивид, пройдоха высшей пробы), протоканалья (первый, лучший из мошенников, плут в высшей степени). 1