Принцип комплементарности влияет на стабильность структуры ДНК следующим образом:

• Удерживает две полинуклеотидные цепи относительно друг друга. 1 Это происходит за счёт взаимодействия между комплементарными азотистыми основаниями, которые образуют водородные связи (между аденином и тимином — две, между гуанином и цитозином — три). 12
• Позволяет формировать скрученную двойную спираль ДНК без каких-либо пространственных искажений. 2 Каждая пара оснований занимает примерно столько же места, что и позволяет формировать спираль. 2
• Способствует стабилизации структуры двойной спирали в пространстве. 4 Между основаниями в ДНК возникают гидрофобные взаимодействия, которые, наряду с водородными связями, обеспечивают стабильность структуры спирали. 14