Метод de novo применяется для сборки последовательностей транскриптома без использования референсного генома. 13

Суть метода: из коротких фрагментов (ридов или прочтений), полученных при секвенировании, воссоздаются отдельные последовательности РНК или транскрипты. 3

Некоторые области применения метода de novo:

• Изучение и сравнение транскриптомов между организмами. 1
• Анализ дифференциальной экспрессии при различных воздействиях на организм. 1
• Изучение немодельных организмов. 4 Такой подход дешевле и проще, чем создание генома, а эталонные методы невозможны без существующего генома. 4

Даже при наличии референсного генома иногда полезно собирать транскриптом de novo, так как при этом можно обнаружить транскрибируемые участки, последовательности которых отсутствуют в геномной сборке. 1

Однако сборка de novo — алгоритмически сложный и вычислительно затратный процесс, который отличается высокой чувствительностью к ошибкам. 1