Как применяется метод de novo при расшифровке новых транскриптомов?

Метод de novo применяется для сборки последовательностей транскриптома без использования референсного генома. ru.ruwiki.ru kartaslov.ru

Суть метода: из коротких фрагментов (ридов или прочтений), полученных при секвенировании, воссоздаются отдельные последовательности РНК или транскрипты. kartaslov.ru

Некоторые области применения метода de novo:

• Изучение и сравнение транскриптомов между организмами. ru.ruwiki.ru
• Анализ дифференциальной экспрессии при различных воздействиях на организм. ru.ruwiki.ru
• Изучение немодельных организмов. en.wikipedia.org Такой подход дешевле и проще, чем создание генома, а эталонные методы невозможны без существующего генома. en.wikipedia.org

Даже при наличии референсного генома иногда полезно собирать транскриптом de novo, так как при этом можно обнаружить транскрибируемые участки, последовательности которых отсутствуют в геномной сборке. ru.ruwiki.ru

Однако сборка de novo — алгоритмически сложный и вычислительно затратный процесс, который отличается высокой чувствительностью к ошибкам. ru.ruwiki.ru