Применение моногибридного скрещивания может помочь в изучении генетических особенностей организмов следующим образом:

• Определение наследования одного гена или признака. 4 При моногибридном скрещивании скрещивают особи с различными аллелями этого гена, что позволяет изучить моногенное наследование — наследование признака, за проявления которого отвечает один ген. 2
• Выявление скрытых нежелательных генов. 1 Анализ производителей по потомству с помощью гибридологического анализа, к которому относится и моногибридное скрещивание, помогает выявить у производителей скрытые нежелательные гены. 1
• Составление хромосомных карт. 1 Знание генного состава хромосомы позволяет путём специальных скрещиваний вводить в геном определённую хромосому или группу генов и создавать формы с нужным генотипом. 1
• Изучение взаимодействия генов. 1 Гибридологическим анализом пользуются при изучении взаимодействия генов в первом гибридном поколении (тесты на комплементацию). 1