Последовательности промоторов влияют на уровень транскрипции генов следующим образом: с промотором связывается полимераза в процессе инициации транскрипции. 1 В состав многих промоторов входят участки для присоединения белковых факторов, которые препятствуют или способствуют взаимодействию РНК-полимеразы. 2

Мутации в промоторной области влияют на эффективность промотора: 2 ослабляющие мутации, уменьшая сходство промотора с консенсусными последовательностями, снижают его эффективность, а усиливающие мутации оказывают противоположный эффект. 2 Например, мутации в последовательности -35 влияют на инициирующее связывание с РНК-полимеразой, а в последовательности -10 — на процесс расплетания цепей ДНК. 2

Также на уровень транскрипции влияют энхансеры — регуляторные единицы, которые усиливают транскрипцию гена, управляемую определённым промотором. 4