Популяционная генетика может применяться в реальных исследованиях, например, в криминалистике. 1 Для этого создают базы данных и геногеографические карты, отражающие распространение различных гаплогрупп. 1 Это позволяет определить наиболее вероятный регион, из которого происходит носитель той или иной линии. 1

Также популяционная генетика помогает проследить историю предков одного человека. 2 Например, если генетический тест выявляет у человека Y-хромосомную гаплогруппу R1b1a2, можно сказать, что 4000–8000 тысяч лет назад его предки по мужской линии жили в Европе либо Передней Азии. 2

Ещё одно применение популяционной генетики — анализ и интерпретация полногеномных данных. 2 Для этого используют метод главных компонент, который показывает, как группируются популяции в генетическом пространстве, какие из них оказываются генетически близкими, какие — далёкими. 2