Пигменты бактерий защищают их от действия видимого света и ультрафиолетовых лучей. 2

Бактерицидное действие видимого света проявляется только в присутствии молекулярного кислорода и обусловлено фотоокислением. 1 Некоторые клеточные пигменты (флавины и цитохромы) играют при этом роль катализаторов (фотосенсибилизаторов). 1 Каротиноиды, которые находятся в плазматической мембране, защищают чувствительные области клетки от эффектов фотоокисления. 1

Поэтому в местообитаниях, находящихся на свету (пыль, солома), бесцветные бактерии погибают быстрее, чем пигментированные. 1

Защитное действие пигментов в отношении лучевого повреждения можно показать на примере оранжевой галофильной бактерии, содержащей каротиноиды, и её бесцветных мутантов. 1 В то время как при слабом освещении и дикий тип, и мутанты растут одинаково хорошо, на ярком солнечном свету рост бесцветных мутантов сильно тормозится. 1