Пероксисомы влияют на процесс фотодыхания в растительных клетках следующим образом:

1. В пероксисомах гликолат окисляется до глиоксилата с использованием кислорода. 23 Реакцию осуществляет флавинсодержащая оксидаза — гликолатоксидаза. 2
2. Второй продукт реакции, перекись водорода, благодаря высокому содержанию в пероксисомах фермента каталазы расщепляется до воды и кислорода. 23
3. В пероксисоме происходит реакция аминирования глиоксилата с образованием глицина. 23 Фермент глицинаминотрансфераза осуществляет реакцию переноса аминогруппы с глутаминовой кислоты на глиоксилат. 2
4. Глицин из пероксисом переносится в митохондрии, где происходит реакция конденсации двух молекул глицина с образованием одной молекулы L-серина и выделением одной молекулы аммиака и молекулы углекислого газа. 23