Палиндромные участки в двухцепочечных молекулах ДНК влияют на вторичную структуру следующим образом: они могут формировать крестообразные структуры, в которых каждая из цепей образует так называемые «шпильки». 1

Это происходит посредством внутриплеточного спаривания оснований соседних перевёрнутых повторяющихся единиц. 2