Палиндромные участки влияют на биосинтез белка тем, что благодаря им у молекулы может возникнуть вторичная структура. 13

Одноцепочечный палиндром может образовывать двухцепочечные структуры — шпильки, а палиндромные участки в двухцепочечных молекулах нуклеиновых кислот могут формировать крестообразные структуры, в которых каждая из цепей образует шпильки. 5

Также палиндромные последовательности играют важную роль в формировании некоторых типов нуклеиновых кислот, например, в случае транспортных РНК. 5

Кроме того, по наличию палиндромных участков можно определить аминокислоту, которую будет переносить тРНК в процессе биосинтеза белка, если антикодон равноудалён от концов палиндрома. 24