Некоторые характеристики, которые помогают отличить клубеньковые бактерии от других видов:

• Место обитания: клубеньковые бактерии живут в верхних слоях почвы и в корневой системе некоторых бобовых культур. 3
• Способность поглощать атмосферный азот: клубеньковые бактерии способны преобразовывать его в минеральные соединения. 3
• Питание: в качестве источника углерода они используют углеводы и органические кислоты, в качестве источника азота — разнообразные минеральные и органические азотсодержащие соединения. 2
• Образование клубеньков: проникая в корневую систему, клубеньковые бактерии провоцируют усиленное деление растительных клеток, в результате чего на корнях появляются своеобразные наросты — клубеньки. 3
• Окраска: клубеньки имеют розовый цвет из-за наличия в бактериях окрашивающего пигмента леггемоглобина. 3
• Специфичность: разные виды клубеньковых бактерий приживаются на разных видах бобовых культур. 3

Кроме того, клубеньковые бактерии характеризуются подвижностью, грамотрицательностью и отсутствием спороносности. 13