Открытие мимивируса возродило интерес к вопросу о происхождении и эволюции вирусов. 1

Было высказано две принципиально разных гипотезы о происхождении сложного генома мимивируса: 1

1. Согласно первой гипотезе, мимивирус и другие крупные ядерно-цитоплазматические ДНК-содержащие вирусы произошли от более сложного предка (клетки или вируса) путём редукционной эволюции и принадлежат к четвёртому домену живого. 1
2. По второй гипотезе, эволюция этих вирусов шла по пути усложнения и постепенного накопления генов, поступающих из геномов других организмов путём горизонтального переноса. 1

Также открытие мимивируса поставило под сомнение идею о том, что вирусы не относятся к живым организмам. 13 Было высказано мнение, что именно вирусные фабрики, а не метаболически неактивные вирусные частицы, и следует рассматривать как вирус. 13