Для оптимизации выполнения команд ALTER TABLE для больших таблиц можно предпринять следующие шаги:

• Провести предварительную очистку и оптимизацию индексов. 1 Нужно удалить устаревшие индексы до модификации таблицы и добавить новые после. 1 Также следует объединить похожие индексы в один, сократив их количество. 1
• Использовать инструменты для незаметных изменений. 1 Например, pt-online-schema-change из набора Percona Toolkit позволяет проводить изменения таблиц с минимальным воздействием на рабочий процесс системы. 1 Также можно использовать gh-ost от GitHub, который позволяет модифицировать схемы данных в режиме онлайн и минимизировать нагрузку даже во время пиковой активности. 1 Ещё один инструмент — Large Hadron Migrator, он снижает нагрузку при внесении изменений в базы данных большого размера на лету. 1
• Нормализовать данные. 1 Это сократит объём и усложнённость данных, упрощая структуру таблицы. 1
• Осуществлять изменения поэтапно. 1 Это поможет минимизировать простои при работе с большими таблицами. 1
• Объединять несколько команд ALTER TABLE в одну. 2 Так выполняется только одна перезапись таблицы вместо нескольких. 2

Также рекомендуется планировать работы в нерабочее время, когда активность пользователей минимальна. 1 В процессе изменений нужно контролировать нагрузку на систему с помощью специальных инструментов мониторинга. 1