Биохимические свойства бактерий на питательных средах определяются с помощью изучения их ферментов и метаболитов. 2 Некоторые методы:

• Определение сахаролитических свойств. 23 Для этого используют среды Гисса, или «пёстрый ряд». 23 Это набор пробирок с питательной средой в жидкой или полужидкой форме, в каждую из которых добавлен определённый углевод (сахар) и индикатор, меняющий окраску в кислой среде. 2 При расщеплении какого-то углевода в пробирке наблюдается изменение цвета среды. 2 Если исследуемая культура не расщепляет углевод, то цвет среды в других пробирках останется неизменным. 2
• Определение протеолитических свойств. 23 Изучают способность микроорганизмов расщеплять белки. 2 Для этого проводят посев бактериальной культуры уколом в столбик 10–20% желатина. 2 При положительном результате наблюдают разжижение желатина в виде воронки либо в виде перевёрнутой ёлочки. 2
• Определение редуцирующих свойств. 3 Исследуют способность микроорганизмов редуцировать (обесцвечивать) красящие вещества. 3 Для этого к питательным средам добавляют растворы красок (метиленовая синь, нейтральрот, индигокармин), на которые затем высевают исследуемые микроорганизмы. 3

Также для выявления биохимических реакций используют цветные индикаторы, а в современных вариантах метода применяют специальные полимерные пластины с лунками или бумажные полоски, на которые уже нанесены отмерянные количества субстрата. 4