Масса молекул определяется с помощью масс-спектрометра следующим образом: 2

1. Пробу вводят в источник ионизации, где молекулы ионизируются. 3
2. Образующиеся положительные ионы выводятся из зоны ионизации, ускоряются электрическим полем и одновременно фокусируются в пучок. 3 Нейтральные молекулы удаляются вакуум-насосом. 3
3. Поток ускоренных ионов попадает в масс-анализатор, где ионы разделяются по массе. 3
4. Разделённые пучки ионов попадают в детектор, где ионный ток преобразуется в электрический сигнал, который усиливается и регистрируется. 3

Принцип работы масс-спектрометра основан на том, что на заряженную частицу, движущуюся в магнитном поле, действует сила Лоренца, искажающая её траекторию. 1 Определяя разницу траекторий ионизированных атомов, движущихся в магнитном поле, можно делать выводы о соотношении массы и заряда иона. 1

Масса самого тяжёлого иона в спектре, как правило, равна молекулярной массе анализируемого соединения. 5