Абсолютная конфигурация определяется с помощью рентгеноструктурного анализа на основе явления аномального рассеяния рентгеновских лучей. 15

Процесс происходит так: рентгеновские лучи при прохождении через кристаллы дают дифракционную картину. 2 Лёгкие атомы лишь рассеивают рентгеновские лучи, но не поглощают их, и поэтому в ходе эксперимента не происходит изменения фазы рассеянного излучения. 2

При наличии тяжёлых атомов характер аномального рассеяния зависит не только от расстояния между атомами, но и от относительного расположения в пространстве. 2 Это позволяет определить абсолютные конфигурации молекул, содержащих тяжёлые атомы, а также молекул, в которые тяжёлые атомы могут быть введены в качестве специальных меток. 2

Если в молекуле только лёгкие атомы, то рентгеноструктурный анализ позволяет определить межъядерные расстояния между связанными и несвязанными атомами и на их основе сделать выводы о строении данной молекулы и о наличии в ней хиральных элементов. 2 В этом случае различить энантиомеры нельзя. 2

Некоторые ограничения метода: для усиления рассеяния молекула должна содержать «тяжёлые» атомы (например, брома). 3 Кроме того, существенные искажения сигнала возникают из-за влияния ближайших соседей в любой кристаллической структуре и из-за растворителей, используемых в процессе кристаллизации. 3