Для определения биохимической активности бактерий через анализ промежуточных и конечных продуктов их метаболизма используют, например, следующие методы:

Изучение сахаролитической активности. 3 Способность бактерий расщеплять углеводы называют сахаролитической активностью. 3 Для её выявления используют специальные питательные среды, в которые добавляют углеводы и индикатор. 34 Под действием сахаролитических ферментов бактерий углеводы расщепляются с образованием кислоты и газа. 4 Наличие кислоты определяют по покраснению среды — индикатор меняет цвет с жёлтого на ярко-розовый. 4 Выделение газа можно определить визуально по образованию пузырьков или более точно — с помощью поплавков, погружённых в среду перед посевом. 4

Изучение протеолитической активности. 14 Это способность бактерий с помощью протеолитических ферментов расщеплять молекулы белка до аминокислот и простых веществ — сероводорода, индола и других. 4 Для обнаружения протеолитических ферментов исследуемую культуру засевают на мясо-пептонный бульон или пептонную воду. 4 Под пробки пробирок вводят индикаторные бумажки, пропитанные реактивными растворами. 4 Если бактерии разлагают белок с образованием сероводорода, то реактивная бумажка окрашивается в чёрный цвет. 4 Некоторые бактерии разлагают белок с накоплением в окружающей среде индола. 4 В этом случае индикаторная бумажка окрашивается в малиновый цвет. 4

Также для изучения метаболизма бактерий и микроорганизмов используют масс-спектрометрию, геномное секвенирование и метаболомику. 2 Масс-спектрометрия позволяет анализировать состав и структуру метаболитов, что помогает понять, какие метаболические пути активны в организме. 2 Геномное секвенирование позволяет изучать генетический материал организма и выявлять гены, связанные с метаболическими процессами. 2 Метаболомика позволяет анализировать метаболиты в клетке или организме и исследовать их взаимодействие с другими молекулами и биологическими процессами. 2