Окрашивание образцов помогает в изучении бактерий под микроскопом следующим образом:

• Позволяет увидеть чёткие контуры микробных клеток. 2 Окрашенные тела микроорганизмов отчётливо выделяются на серебристо-белом фоне препарата. 2
• Даёт возможность оценить состав микробного пейзажа изучаемого объекта. 2 При применении специальных методов окраски можно исследовать некоторые анатомические структуры клетки: наличие капсул, спор, жгутиков, ядерного вещества, мембраны и т. д.. 2
• Помогает дифференцировать одни виды микроорганизмов от других. 4 Например, окраска по Граму позволяет отличить грамположительные (синие) и грамотрицательные (розовые) бактерии. 5
• Даёт возможность оценить форму и размеры клеток. 1 При простой окраске чаще используют один краситель, который прокрашивает всю клетку. 1