Образование фосфоритов в разных геологических условиях происходит следующим образом:

• В областях океанического апвеллинга. 1 Глубоководные течения выносят к прибрежным поверхностям донные отложения, где может происходить отложение фосфоритов. 1
• На континентальных окраинах. 1 Могут образовываться в условиях богатых органикой отложений, сильного прибрежного апвеллинга и зон с низким содержанием кислорода. 1 Также фосфориты могут формироваться в условиях богатых кислородом донных вод и бедных органикой отложений. 1
• На подводных горах. 1 Фосфориты встречаются на подводных горах, гайотах или гребнях подводных гор. 1 В этих условиях продуктивность фосфора рециркулируется в рамках цикла восстановления фосфора при окислении железа. 1
• На островах. 13 Островные фосфориты расположены на карбонатных островах, плато, коралловых островах, состоящих из рифа, окружающего лагуну или лагуну атолла, морских озёрах. 1 В таких условиях фосфорит происходит из гуано. 1
• В морских водах. 3 По химической гипотезе, фосфаты, растворённые в морской воде, начинают осаждаться, когда из глубин моря они выносятся на его поверхность. 3 Происходит это вследствие уменьшения кислотности воды, растворимость фосфатов в этой среде уменьшается, и тогда избыток их выпадает на дно. 3

Также месторождения фосфоритов могут появляться во время выветривания за счёт накопления фосфатов при выщелачивании фосфоритовых известняков или скоплений галек, образованных при размыве более древних фосфоритов. 5