Зональное строение пегматитов образуется в результате постепенного остывания магмы. 1 На поздних стадиях кристаллизации остаточный гранитный расплав отделяется от интрузива, поднимается в верхние части интрузии или внедряется во вмещающие породы. 4 Затем происходит медленная постепенная кристаллизация при относительно низких температурах с образованием последовательных зон от внешних к внутренним. 4

Например, в пегматитах Мурзинского района (Урал) внешние зоны контакта жилы с вмещающими их гранитами сложены из светлой тонкозернистой породы (аплита). 1 Затем, ближе к центральной части жилы, они постепенно сменяются полосами «письменного гранита». 1 А дальше, сдвигаясь к срединной части, следуют зоны всё более крупнокристаллических масс полевого шпата и кварца. 1

Также часто отдельные зоны пегматитовых тел перекристаллизуются под воздействием флюидов при температуре 400–250 °C. 4 Источником этого флюида может быть как само тело пегматитов, так и интрузив, с которым оно связано. 4