Нумерическая таксономия используется для идентификации бактерий путём сопоставления большого числа фенотипических признаков с использованием вычислительной техники. 2

Некоторые признаки, которые учитываются при таком подходе:

• Морфологические. 2 Форма, размер, взаимное расположение, наличие капсулы, жгутиков. 2
• Тинкториальные. 2 Характеризуют отношение к красителям в зависимости от особенностей клеточной стенки. 2
• Спорообразование. 2 Форма и характер расположения спор. 2
• Культуральные. 2 Особенности роста на питательных средах при определённой РН и температуре. 2
• Биохимические. 2 Способности утилизировать различные субстраты. 2
• Физиологические. 2 Тип дыхания, питания. 2
• Антигенные. 2 Свойства, которые определяют чужеродность микроба по отношению к человеку. 2

Степень сходства между двумя исследуемыми организмами определяется на основании количества совпадающих признаков и выражается в виде коэффициента сходства. 1 Значение коэффициента может меняться от 0 до 1. 1 Коэффициент 1 означает полную идентичность, а 0 — полное несходство. 1

Нумерическая таксономия может применяться при оценке сходства между таксонами микроорганизмов только невысокого ранга (роды, виды). 1 Она не позволяет делать непосредственные выводы относительно генетического родства микроорганизмов, однако в известной степени отражает их филогенетические свойства. 1