Нуклеосомы влияют на доступность ДНК для регуляторных белков следующим образом: оборачивание ДНК вокруг гистонового октамера в нуклеосоме препятствует доступу других белковых факторов к информации о последовательности ДНК. 1

Однако в геномной ДНК существуют участки, свободные от нуклеосом. 3 В подавляющем большинстве случаев это участки связывания одного или нескольких регуляторных белков, которые могут узнавать определённые последовательности ДНК. 3

Например, отсутствие нуклеосомной упаковки в окрестностях старта транскрипции создаёт условия для контакта регуляторных белков с ДНК и формирования базального транскрипционного комплекса. 4

Также в других случаях регуляторные факторы могут связываться с ДНК на поверхности нуклеосомы, при этом ротационное позиционирование важно для открытия той стороны ДНК, на которой расположены соответствующие контактные точки. 5