Нуклеоид влияет на регуляцию активности генов у бактерий следующим образом:

• Упорядоченное расположение генов. 1 Положение генов в нуклеоиде отражает их относительное расположение на карте хромосомы. 1
• Состояние сверхскрученности ДНК. 2 Оно облегчает плавление ДНК при инициации транскрипции и тем самым способствует экспрессии генов. 2
• Влияние структурных белков нуклеоида. 3 Они оказывают прямое влияние не только на структуру бактериальной хромосомы, но и активно участвуют в регуляции экспрессии генов. 3 Например, белок Fis регулирует транскрипцию рРНК, тРНК и оперонов рибосомных белков. 3
• Одновременный синтез РНК и белка. 2 Рибосомы связываются с ещё не до конца синтезированными молекулами иРНК и производят на них синтез белка. 2

Кроме того, во время различных фаз роста бактериальных клеток нуклеоид непрерывно меняет форму, что сопряжено с транскрипционной активностью определённых бактериальных генов. 2