Компактную упаковку хромосомной ДНК в бактериальной клетке обеспечивают различные белки, ассоциированные с нуклеоидом. 1

Топоизомеразы контролируют суперспирализацию ДНК, которая играет важную роль в её компактизации. 1 Также они обеспечивают протекание таких процессов, как репликация и транскрипция, для которых требуется раскручивание молекулы ДНК. 1

Белки HU, H-NS и SMC обеспечивают разные уровни компактизации бактериальной ДНК: 2

• Первый уровень обеспечивают гистоноподобные белки HU и H-NS. 2 Их взаимодействие с ДНК зависит от её последовательности, наличия в молекуле шпилек и изгибов. 2
• Второй уровень — отрицательная сверхспирализация — обеспечивается SMC-белками и топоизомеразами. 2
• Высший уровень компактизации представлен независимо сверхспирализованными петлями (доменами), на которые разделена бактериальная хромосома. 2 В состав каждого домена входит около 10 тысяч пар оснований. 2

Степень компактизации ДНК в нуклеоиде бактерий достигает 1000 крат. 3