Нуклеазы помогают в репарации повреждённой ДНК, удаляя повреждённые нуклеотиды и подрезая выступающие концы нитей ДНК, подравнивая их. 1

Например, в процессе эксцизионной репарации комплекс ферментов (эксцизионная нуклеаза) связывается с ДНК в месте крупного повреждения и расщепляет дефектную цепь с обеих сторон от повреждения. 2 Затем фрагмент ДНК длиной 13 нуклеотидов удаляется с помощью ДНК-хеликазы. 2 После этого брешь застраивается ДНК-полимеразой, а разрыв в цепи ликвидируется ДНК-лигазой. 2

Также специфическая ДНК-эндонуклеаза обнаруживает повреждение в цепи ДНК и гидролизует фосфодиэфирную связь с 5'-конца от повреждения. 4