Использование .NET Framework 3.5 может влиять на производительность веб-приложений следующим образом:

• По данным тестов, переход с .NET Framework 3.5 на .NET 4.0 может повысить производительность. 1 Эквивалентные программы, скомпилированные и выполняемые с использованием .NET 4.0 Framework, могут выполняться быстрее, чем программы, основанные на .NET 3.5 SP1. 1
• В .NET Framework 3.5 появилась технология MS AJAX, которая, по некоторым данным, работала некорректно из-за специфики инициализации контролов в жизненном цикле страницы. 2 Например, контент UpdatePanel обновлялся с бекэнда, тогда как всё остальное не перестраивалось. 2

Для оценки и оптимизации производительности веб-приложений рекомендуется использовать специальные средства, например, анализ производительности Visual Studio, анализ приложения Windows Phone или PerfView. 5