Наличие боковых радикалов в аминокислотах влияет на стабильность α-спиралей и β-складчатых структур по-разному.

Для α-спиралей боковое расположение радикалов аминокислот не влияет на образование спирали, так как они располагаются по периферии и не участвуют в её формировании. 14 Однако некоторые аминокислотные остатки препятствуют образованию α-спирали. 3 Например, близкое расположение аминокислот с одинаково заряженными боковыми радикалами вызывает их отталкивание. 4 Также затрудняют образование α-спирали радикалы аминокислотных остатков, имеющих большие размеры. 3 Кроме того, остаток пролина в полипептидной цепи препятствует образованию α-спирали, так как не способен образовывать внутрицепочечную водородную связь. 3

Для β-складчатых структур боковое расположение радикалов аминокислот не влияет на стабильность структуры, так как боковые радикалы в β-листах, как и в случае α-спиралей, ориентированы вне плоскости листов. 4 Однако в образовании β-листов принимают участие все пептидные связи, что создаёт плотную сеть водородных связей и придаёт структуре высокую стабильность. 4 Более стабильными являются антипараллельные β-слои, поскольку в этом случае водородные связи располагаются почти перпендикулярно пептидным и имеют меньшую длину. 4