Морские грибы участвуют в круговороте веществ в водной среде следующим образом:

• Разлагают органические субстраты. 1 Сапротрофные грибы участвуют в биодеградации всех органических веществ в воде, как естественного, так и антропогенного происхождения. 1 Особенно значима их роль в деструкции лигнина, хитина и кератина. 1
• Участвуют в биологическом очищении морской среды. 4 Грибы создают условия для развития биоценозов морских организмов. 4
• Способствуют образованию гумуса в глубоководных отложениях. 5 Оболочки гифов часто играют адгезивную роль в прикреплении гуминовых частиц к грибному мицелию. 5
• Служат пищей для других организмов. 14 Споры и гифы грибов, а также обогащённые мицелием целлюлозосодержащие субстраты и детрит служат пищей для многих видов беспозвоночных и молоди рыб. 4