Морфогенез влияет на формирование новых видов организмов следующим образом: в процессе эволюции при наследуемых изменениях генома видоизменяются сложившиеся в организме морфогенетические корреляции. 4 Особи с изменённой структурой подвергаются действию естественного отбора и при благоприятных условиях могут сохраниться, дав начало потомкам с новой структурой. 4

Например, предполагается, что экспансия транскрипционных факторов в результате геномных дупликаций и последующей неофункционализации паралогичных генов была источником эволюционных инноваций с приобретением новых типов клеток и возрастанием морфологической сложности. 1

Также морфогенез описывает эволюцию структур тела в пределах таксономической группы. 35 Например, увеличение числа Hox-генов коррелирует с возрастанием сложности плана строения тела. 1